Instituti i Mjekësisë Ligjore financohet nga buxheti i shtetit, dhe ka buxhetin e vet, si zë i veçantë në buxhetin e Ministrisë së Drejtësisë.

Misioni i Institutit të Mjekësisë Ligjore është të mbështesë organet e drejtësisë, si dhe institucionet e tjera publike për zgjidhjen e çështjeve hetimore dhe gjyqësore, me karakter mjekësor e biologjik, në veprimtarinë kriminale dhe konfliktet civile, nëpërmjet ofrimit të shërbimeve që përfshihen në funksionet administrative që i janë deleguar nëpërmjet këtij vendimi.

Instituti i Mjekësisë Ligjore e shtrin veprimtarinë e tij në të gjithë territorin e Republikës së Shqipërisë.

Instituti i Mjekësisë Ligjore drejtohet nga drejtori, i cili organizon dhe drejton të gjithë veprimtarinë e institucionit dhe përgjigjet përpara ministrit.
Marrëdhëniet e punës të drejtorit dhe të nëpunësve të Institutit të Mjekësisë Ligjore rregullohen në bazë të dispozitave të legjislacionit për nëpunësit civilë. Marrëdhëniet e punës së punonjësve administrativë rregullohen në bazë të dispozitave të Kodit të Punës.